吉安市疾病预防控制中心的“三代基因测序仪”采购方案征集公告

****的“三代基因测序仪”采购

方案征集公告

****设备厂家、经营单位：

****计划采购一台三代基因测序仪，为了全面了解不同厂家、不同型号的设备性能、配置、使用成本、市场价格等情况，根据《****政府采购法》等法律法规的要求，本着“公平、公开、公正”的原则，对本次实施采购的设备进行采购方案征集工作，特邀贵单位本着诚心让利优惠的原则参与。****小组对各单位所提供的选型方案及设备技术、性能、价格等情况进行综合评定，并结合工作需求确定性价比最优的设备选型方案参****政府采购。现将具体事项通知如下：

三代基因测序仪采购需求：

1.项目名称：三代基因测序仪

2.预算金额：200万元人民币

3.技术要求：为保证单位业务正常开展，各厂商所投产品必须满足可用于微生物（包括细菌、病毒和各类真菌甚至病原虫等）的测序检测，可以实现快速物种鉴定、溯源分析与耐药、毒力分析等。

1、测序仪主机

1.直接测序DNA/RNA样本，无需通过PCR 扩增；

2.单次可同时运行≥2张测序芯片；

3.单张芯片产出≥120Gb；

4.单次准确率：单序列准确率≥99%；

5.测序时长：1min-72h内可随时中断，且芯片可重复利用；

6.起始样品总量10pg-1ug；

7.可用于全长16S测序进行微生物群落分析；可用于转录组全长测序，测序结果无需拼接，可直接分析转录本可变剪切模式；

8.最快建库时间≤10min；

9.可通过结合Barcode实现扩增子的Multiplex测序，可提供≥96种Barcode序列；

10.可进行单细胞测序且有完整成熟的实验方案，并能提供详细的实验方案；

11.文库上样后如若芯片出现异常，可以把文库回收用于下一次测序。

2、生信分析系统

2.1、新冠全基因组分析系统参数：

1.提供从下机数据到生信结果一键式图形界面分析，无需分步操作；

2.支持二代（illumina、ion torrent和华大）和三代（Nanopore和Pacbio）测序下机数据的分析，允许fast5，fastq，barcode fastq以及对应压缩包等多种数据格式直接导入分析，无需额外处理；

3.提供新冠病毒全基因组组装以及突变位点分析，突变位点表格包含突变位点位置、碱基变化、氨基酸变化、位点测序深度、支持数据比例和效应注释信息；

4.内置基因组浏览器，支持可视化验证位点突变真实性与模式，同时与突变位点表建立联动机制，实现一键定位，无需手动输入突变位点位置；

5.支持自建基因组本地数据库，提供数据库清空、样本增减和meta信息编辑功能；

6.内置GISAID来源数据库和本地自建数据库，提供群体比较分析，结果展示变异比较列表、系统进化树、序列同源性、共享SNP数量、独享SNP、缺失位置和插入位置；

7.提供新冠病毒全基因组下采样式覆盖度、正负链覆盖图和引物池覆盖图，获知基因组不同区域测序深度，统计不同测序深度位点，提示序列完整性；

8.提供污水新冠监测模块，可获得不同分型比例信息，突变信息以及一致性序列；

9.提供fast5转fastq（3种转换模式）、自定义barcode拆分、接头和barcode序列去除、fastq/fasta相互转换、序列合并与拆分、序列转换、序列挑选、序列条件过滤、bed位置提取、比对位置分析等功能，以图形界面形式实现；

2.2、流感全基因组分析系统参数：

1.一个主机允许多个用户端，支持主流系统（liunx系统、windows系统、MAC系统）局域网IP访问，保证数据安全性及使用便利性，以图形界面实现；

2.支持用户在线和离线一键升级系统，无需命令行操作；

3.支持二代（illumina、ion torrent和华大）和三代（Nanopore和Pacbio）测序下机数据的分析，允许fast5，fastq，barcode fastq以及对应压缩包等多种数据格式直接导入分析，无需额外处理；

4.提供流感病毒全基因组组装以及突变位点分析，包含突变位点位置、碱基变化、位点测序深度和杂合情况信息；

5.内置IGV基因组浏览器，支持可视化验证位点突变模式；

6.提供甲乙丙丁四种流感病毒鉴定，甲流亚型鉴定，乙流支系鉴定以及clade详细分型；

7.内置流感数据库，基于HA和NA基因提供群体比较分析，支持本地数据导入共同分析，结果以变异比较列表和系统发育树的方式展示；

8.提供流感病毒全基因组覆盖度图，获知基因组不同区域测序深度，统计不同测序深度位点，提示序列完整性；

2.3、广谱病原微生物及耐药分析系统参数：

1.支持用户在线和离线一键升级系统，无需命令行操作；

2.支持二代（illumina、ion torrent和华大）和三代（Nanopore和Pacbio）测序下机数据的分析，允许fast5，fastq，barcode fastq以及对应压缩包等多种数据格式直接导入分析，无需额外处理；

3.支持单样本和多样本测序数据自定义导入分析，提供样本名称编辑功能；

4.支持16s rDNA全长扩增子测序数据分析，搭载临床级数据库，提供比对质量分布和比对长度覆盖图，确定鉴**果真实性；

5.支持宏基因组分析，可同时检测≥40000种物种信息条目，包括病毒、细菌、真菌、原虫、古菌等；

6.提供物种分类、NCBI物种号、相对丰度、人间传染的病原微生物目录和致病性信息，以及所有物种序列下载功能；

7.提供耐药元件鉴定、耐药机理和耐药药物鉴定等分析以及毒力元件鉴定和毒力机理等分析；

8.支持自建病原序列本地数据库，提供blast和mapping两种序列比较方法；

9.内置病毒亚型数据库，支持分析所有呼吸道和肠道病毒亚型；

10.提供样本管理系统，支持输入样本的具体信息，包括样本病案信息、取样信息、临床诊断信息，支持样本信息和数据分析管理关联等。

2.4、致病菌分析系统：

1.提供从下机数据到生信结果一键式图形界面分析，无需分步操作；

2.支持二代（illumina、ion torrent和华大）和三代（Nanopore和Pacbio）测序下机数据的分析；

3.允许fast5，fastq，barcode fastq以及对应压缩包等多种数据格式直接导入分析，无需额外处理；

4.支持单样本和多样本测序数据自定义导入分析，提供样本名称编辑功能；

5.支持IGV查看测序原始数据比对情况，同时也可以查看位点的突变情况；

6.支持组装结果评估，对组装结果进行统计，提供是否成环和checkM评估结果；

7.提供样本管理系统，支持输入样本背景信息，包括样本病案信息、取样信息、临床诊断信息；

8.支持样本信息和数据分析管理关联；

9.支持一键输出可打印的分析报告，支持分析数据及结果下载、图表输出、病例信息关联等；

10.主机允许用户端通过局域网IP远程访问；

11.用户可以实现在线和离线一键升级系统；

12.支持沙门氏菌、大肠杆菌、志贺氏菌、副溶血弧菌、霍乱弧菌、小肠结肠耶尔森菌和空肠弯曲杆菌7种致病菌，开展全基因组数据分析，每种菌都有独立的分析操作界面；

13.支持沙门氏菌、大肠杆菌、志贺氏菌、副溶血弧菌、霍乱弧菌、小肠结肠耶尔森菌和空肠弯曲杆菌7种致病菌支持MLST分子分型和沙门、大肠等4种cgMLST分子分型；

14.支持自建数据库溯源分析，支持构建进化树。

2.5、组装分析模块：

1.提供从下机数据到生信结果一键式图形界面分析，无需分步操作；

2.一个主机允许多个用户端，支持主流系统（liunx系统、windows系统、MAC系统）局域网IP访问，保证数据安全性及使用便利性，以图形界面实现；

3.支持用户在线和离线一键升级系统，无需命令行操作；

4.支持二代（illumina、ion torrent和华大）和三代（Nanopore和Pacbio）测序下机数据的分析，允许fast5，fastq，barcode fastq以及对应压缩包等多种数据格式直接导入分析，无需额外处理；

5.支持单样本和多样本测序数据自定义导入分析，提供样本名称编辑功能；

6.支持主流组装软件选择，提供无参、有参和混合组装三种组装模式，组装结果可在软件界面直接查阅以及自定义保存；

7.基于有参组装模式，提供全基因组突变位点分析，包含突变位点位置、碱基变化、位点测序深度和杂合情况信息；

8.提供样本全基因组覆盖度图，获知基因组不同区域测序深度；

9.支持基因组组装序列注释，包含基因类型、基因名、基因位置、EC号、COG号和功能描述，提供gff，gbk等注释文件；

10.支持耐药分析，提供耐药元件、耐药机理和耐药药物鉴**果；

11.支持毒力分析，提供毒力元件和毒力机理鉴**果；

12.支持134种细菌多位点序列分型（MLST）分析，提供管家基因等位基因编号和菌株序列型；

13.提供结果数据做图、统计功能以及图表输出功能；

14.提供样本管理系统，支持输入样本的具体信息，包括样本病案信息、取样信息、临床诊断信息，支持样本信息和数据分析管理关联等。

2.6、溯源分析模块参数：

1.提供从下机数据到生信结果一键式图形界面分析，无需分步操作；

2.一个主机允许多个用户端，支持主流系统（liunx系统、windows系统、MAC系统）局域网IP访问，保证数据安全性及使用便利性，以图形界面实现；

3.支持用户在线和离线一键升级系统，无需命令行操作；

4.支持二代（illumina、ion torrent和华大）和三代（Nanopore和Pacbio）测序下机数据的分析，允许fast5，fastq，barcode fastq，fasta以及对应压缩包等多种数据格式直接导入分析，无需额外处理；

5.支持单样本和多样本测序数据自定义导入分析，提供样本名称编辑功能；

6.支持多序列联配，动态查阅候选位点异同，提供交互式差异位点统计表；

7.支持基因组相似性分析，提供进化热图；

8.支持系统发育树和最小生成树分析，可调整树展示形式；

9.提供结果数据做图、统计功能以及图表输出功能；

10.提供样本管理系统，支持输入样本的具体信息，包括样本病案信息、取样信息、临床诊断信息，支持样本信息和数据分析管理关联等；

3、配套工作站

工作站1：配置不低于： CPU数量≥2，核心数≥48核，线程数≥96； GPU数量≥1，显存≥48Gb，CUDA核心≥10752； 内存≥512G，固态硬盘≥8Tb；企业级机械硬盘容量≥60Tb； 显示器≥ 27英寸；分辨率：≥1920*1080。

工作站2：配置不低于；内存≥128GB ，CPU:≥ i9系列；显卡≥6G显存系统盘：固态硬盘≥ 512G，数据盘: SATA硬盘≥4TB，≥ 27寸显示器/键鼠。

4.回复意见的供应商资格：满足《****政府采购法》第二十二条规定

5.回复意见要求：各响应单位根据采购人的采购需求，提供完整准确的项目方案，包括但不限于产品技术参数、数量、型号、品牌、制造商名称、预算单价和总价，详细售后服务的内容、形式、质保期、货物技术性能优势、技术加分条款或评分细则等。

6. 回复意见方式：

6.1采购单位电话：0796-****666，采购单位邮寄地址：**省**市**区**大道54号；邮件接收邮箱：****@163.com。

6.2招标代理电话：139****6445，招标代理邮寄地址：**省**市**区**大道222****广场9栋1204室；邮件接收邮箱：****@qq.com。

7.回复意见截止时间：2023年12月13日24时前，超过截止时间不予受理。

8.组织专家论证时间:2023年12月14日9时。

9.项目有关信息的联系方式：

采购单位：王先生 0796-****666

采购代理：****

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