位置>千里马招标网> 招标中心> 玫瑰茄全基因组图谱开发(EJWJ2024157)延期公告
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玫瑰茄全基因组图谱开发 | 项目编号**** | |
2024-06-27 11:22:46 | 公告截止日期2024-07-03 14:00:00 | |
**** | 付款方式待结题报告交付后,付全款。 | |
联系电话 | ||
到货时间要求 | ||
¥49500.00 | ||
符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商基本条件 | ||
玫瑰茄全基因组图谱开发 | 1 | 项 | 农学研究服务 |
¥ 49500.00 |
1、完成玫瑰茄样品的DNA提取,质检合格后构建三代测序基因组文库进行PacBio Revio测序技术平台HIFI测序模式测序并进行数据质控,测序数据量60Gb;构建二代测序基因组文库进行DNB-SEQ测序平台PE150测序策略测序并进行数据质控,测序数据量50G; 2、完成玫瑰茄样品的甲醛交联、细胞核提取,构建1个Hi-C文库,质检后基于illumina测序平台进行测序。测序数据量200Gb; 3、完成4个玫瑰茄不同组织样品的RNA提取,质检合格后进行基于DNB-SEQ平台进行常规转录组测序,测序数据量6G;****组织部位玫瑰茄样品进行RNA提取,质检合格后基于Nanopore平台进行转录组测序,测序数据量10G; 完成测序后进行HIFI单倍型基因组图谱分析,分析内容如下:(1)数据质控;(2)单倍型基因组组装(共组装2套)(组装、组装结果评估);(3)HIC辅助基因组拼接,比对参考基因组,将组装得到的Contig挂载到染色体,挂载率>90%;(4)基因组注释基因组注释(重复序列注释、基因结构注释、基因功能注释、ncRNA注释);(5)比较基因组学分析(基因家族分析、系统进化分析);(6)单倍型基因组特有分析、亚基因组结构变异分析、亚基因组不对称进化分析(Ka/Ks差异分析)等位基因表达偏岐分析; 4、1)供应商样本提取合格率≥98%,对于DNA提取不合格样本,提取到合格为止。 2)供应商针对检测合格后的样品(样本总量≥ 100ng),搭配自动化建库仪器,通量做到1人/4H/96个样本。 3)供应商拥有自主nanopore测序仪并服务过使用Nanopore平台测序的用户,并发表过文章。 |
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